武蔵は鎮守府中学校に通う元気いっぱいの女の子！
ある日、魔砲の世界からやってきた妖精「46cm三連装砲ちゃん」から世界の危機を知らされた彼女は、
魔砲戦艦（まほうしょうじょ）として悪の深海怪人と戦う事になったんだ！

地球と46cm三連装砲ちゃんの故郷、魔砲の王国クレ・ワールドの平和を取り戻すため、
今日も武蔵は親友の長門ちゃんと一緒に、夢と希望の力で戦うゾっ！

がんばれ！　まけるな！　魔砲戦艦むさしちゃんっ！